Los estudios plantean que la estimulación magnética transcraneal funciona porque no solo estimula a las células nerviosas de la región cerebral implicada en el control del ánimo y la depresión, sino que activa estas regiones cerebrales que tienen menos actividad en las personas con depresión.

En la EMTr, (Estimulación Magnética de repetición) se coloca en el cuero cabelludo, cerca de la frente, un dispositivo llamado bobina magnética que descarga impulsos magnéticos, o estimulaciones, al cerebro. Durante la estimulación, la persona siente como un golpeteo en la cabeza y la bobina se enciende y apaga durante la sesión de tratamiento. Si bien la cantidad específica de energía magnética requerida varía de una a otra persona, normalmente la estimulación dura 4 segundos y luego hay una pausa de 26 segundos. Cada sesión generalmente dura alrededor de 40 minutos.

Los estudios han demostrado que los tratamientos diarios, de cinco días por semana, durante cinco o seis semanas son los que más alivio brindan.  La mayoría de las personas no empieza a sentirse mejor hasta después de varias semanas de tratamiento.