(TEA) es una afección del neurodesarrollo en el que se han identificado deficiencias en el uso de las habilidades de la comunicación social, acompañada de un patrón de conductas rígidas o estereotipadas. Para su tratamiento se han implementado diversas intervenciones farmacológicas, cognitivas, conductuales y, más recientemente, neuromoduladoras, entre éstas, se encuentra la Estimulación Magnética Transcraneal (EMT). Dicha técnica promueve mecanismos de plasticidad neuronal a través de la generación de campos magnéticos aplicados sobre el cuero cabelludo del paciente. El propósito de la presente revisión fue proponer un protocolo de evaluación y estimulación a partir de la EMT aplicable a población infantil con TEA. Se realizó una búsqueda sistemática de artículos originales publicados desde el año 2010 que emplearan EMT en poblaciones de niños y adolescentes con diagnóstico de TEA. En esta búsqueda se identificaron 16 referencias que abordan este conjunto de temas. Se identificó que la técnica más empleada fue la EMT repetitiva (EMTr), principalmente en su variante de baja frecuencia y que la principal forma de evaluar su eficacia fue mediante el uso de Potenciales Relacionados con Eventos (PREs), a partir de paradigmas oddball e inventarios conductuales de autoreporte. Se reportó mejoría en la irritabilidad, hiperactividad, aislamiento social, conductas estereotipadas y compulsivas, así como menores errores de omisión en los paradigmas empleados. Asimismo, se reportaron cambios en la amplitud y latencia de los PRE P100, N100, N200, P200, P300 y ERN, mejor conectividad funcional cerebral y mejores respuestas simpáticas-parasimpáticas posteriores a los periodos de intervención con EMT, todo esto en ausencia de efectos adversos significativos y/o permanentes asociadas a su uso.